W3CのHTML文法チェッカー比較的よく知られ僕もは何度か使ったことがあるが、WHATWG版があるか気になり調べてみたら、やはり存在した。

• Web Hypertext Application Technology Working Group HTML Conformance Checkers

各ブラウザベンダーはHTMLに関してはWHATWGの仕様を見ているので、構文チェックもこちらで行うのがよさそう。
ただ、昔と比較しそれほど神経質になる必要もなくなってきているような気がするが…。（なぜそう感じているのかは、うまく言葉では言えないが）

• WHATWG版とW3C版の主な差異：HTML5.3各要素別メモ

また関連して、上記ページもなかなか参考になる。